وأما عن موضوعات كتب الخزانة فتشمل ما يلي :

* « كتب الأثر: السيرة الشامية، النهاية لابن الأثير، الفائق للزمخشري، الأول في نهج النهاية، الكفاية في مختصر النهاية، زيادة الجامع الصغير في سفرين، زيادة الكبير في سفرين، إعراب مشكل الحديث للسيوطي، الجمع بين الصحيحين للفرغاني، المصابيح للبغوي، المقاصيد الحسنة للسخاوي، التذكرة للقرطبي ، الدلائل لتابث السرقطي، عمل اليوم والليلة للنسائي، الجامع بين المنتقى والاستذكار للتلمساني، شرح العمدة لابن الأثير، علوم الحديث لابن الصلاح، بوادر الأصول للحكيم الترمدي،
الحدائق في سيرة سيد الخلائق للمستغانمي بخطه… وغيرها كثير.
* التواريخ : أهمها لابن عساكر ، البداية والنهاية لابن كثير في سبع اسفار.
* التفاسير : كثيرة منها بضع وأربعون من غير الثكرار.
* تآليف الإمام السيوطي : لا تكاد تنحصر لأنها كثيرة أكثرها بخطه.
* المسانيد : قليلة العدد.
بالإضافة إلى شرح البخاري ومسلم وحواشي السنة وغير ذلك مما هو متداول من كتب الحديث ، هذا فضلا عن مؤلفات النحو والآداب والعقائد والفقه والتصوف والفلسفة والمنطق والفلك والرياضيات والحساب والطبيعيات والجغرافية حتى أصبحت أغنى الخزانات الإسلامية بالمغرب ولا أدل على ذلك أكثر من رسالتين تلقى إحداهما الشيخ علي بن يوسف الناصري من المولى سليمان في غرض استعارة كتابي التفسير والنزهة لابن كثير من الخزانة الناصرية والثانية صادرة عن السلطان محمد بن عبد الله إلى الشيخ يوسف الناصري جوابا عن كتاب هذا الأخير في غرض استنساخ البيان والتحصيل لابن رشد برسم هذه الخزانة.